南京大学数学系中心实验室建于1981年当时是以计算机专业为主的计算机室。在学校和数学系领导的关心下，1993年，为了更好的规划实验室建设和实验教学，南京大学数学系将实验室更名为中心实验室，2003年更名为数学实验教学综合实验室。
现在中心人员配备合理，仪器设备有了很大改进，规模已初具成型，中心完全承担起本系师生的实验教学任务——实验课程已达13门之多，而实验项目更是多达160多个，年实验人时数高达18万小时。近是10年来，中心除实验教学任务之外还承担着全校范围内全国大学生、研究生数学建模培训的重任，由中心多位专兼职教师组织的数学建模培训每年都在中心开展的井然有序，这主要得益于两方面：一是中心为其提供性能良好的机器设备硬件环境；二是组织建模培训的师资多位中心的专兼职教师。
数学系的一批著名教授学者在实验教学和实验室建设中请入了大量的心血，做出了突出的贡献。他们先后在中心承担了多项以实验教改为课题的国家和省级项目。
自20世纪80年代起，实验室就不断地对原实验课程体系、教学内容和方法进行改革，依托数学学科优势，提出了低年级学生尽快进入科研实验室，以计算机基础训练为主，高年级学生结合课程和课题，有目的地提高知识面的理念。现在又根据数学和应用数学的学科特点和当前的人才需要，以确立“专业培养与素质教育相结合，知识传授与能力培养相结合，教育与科研相结合”的教学指导思想为依托提出了“放眼世界数学发展，培养一流数学人才，立足国内经济建设，培养一流应用人才”的目标。
数学系实验教学中心目前承担了全系实验教学工作以及全校的本科生、研究生数学建模培训，共开设实验课程13门，提供实验项目160余个，其中，基础性实验项目占50％，提高型实验项目占30％，研究创新型与科研参与型占20％。实验中心目前年实验人时数约18万小时，是我校运行稳定、教学效果良好、规模较大的实验教学中心之一，也是数学实验教学方面省内规模较大的实验教学中心之一。
二十多年来，中心真正为数学系人才培养起到了举足轻重作用。如现为中科院计算所所长、科学计算国家重点实验室主任、入选中科院“百人计划”、获冯康奖、杰出青年基金获得者、世界数学家大会45分钟报告者的陈志明研究员就曾在中心的计算数学专业学习深造过。
